Debido a su participación en las protestas fue acosada y amenazada por personas afines al partido de gobierno, siendo detenida el 9 noviembre de 2021, por agentes vestidos de civil, motorizados y armados, quienes le interceptaron el carro en un retén policial, le abrieron las puertas de atrás del vehículo y abordó una mujer vestida de civil que estaba con los motorizados ordenándole que se bajara del vehículo y los policías le arrancaron violentamente una pulsera azul y blanco que portaba agrediéndola verbalmente y llevándola con rumbo desconocido. Al día siguiente fue localizada por sus familiares en el Distrito III de la Policía Nacional en Managua, donde le recibieron ropa y desayuno, pero no le dieron ninguna información sobre los motivos de la detención. Todos los días la trasladaban a la Dirección de Auxilio Judicial “El Chipote”, donde la ingresaban en una celda muy pequeña durante varias horas, donde solo podía estar sentada o de pie. Luego la trasladaban a otra sala a interrogatorios donde le informaron que estaba siendo acusada de “sedición” porque estaba “tramando algo” en contra del gobierno, además de agredirla psicológicamente. En los primeros días de su detención no le dieron alimentos ni bebidas, ni tampoco tuvo acceso a sus medicamentos, pese a que sufría de migrañas constantes, gastritis, bajones de azúcar, ni tampoco tuvo acceso a sus lentes. Doce días después de su detención, fue acusada bajo los cargos de conspiración para cometer menoscabo a la integridad nacional y ciberdelitos y el 1 de diciembre de 2021, fue trasladada al Centro Penitenciario “La Esperanza” y ubicada en una celda de máxima seguridad sola y el 10 de enero de 2022 fue trasladada a ora celda donde compartía con otras dos defensoras de derechos humanos que se encontraban privadas de libertad, totalmente aisladas del resto de reas y con vigilancia permanente de custodias las 24 horas del día, además de tener terminantemente prohibido interactuar con las demás y el derecho a patio solo únicamente fue dos días a la semana por 15 minutos, ni tampoco les permitían comprar alimentos u otras necesidades en la tienda del penal. El 16 de febrero de 2022, fue trasladada a la audiencia de juicio a las 6:00, a.m. sin desayunar o tomar agua, rodeada de 12 custodios y esposada con las manos hacia adelante trasladada en un celda pequeña donde permaneció hasta la 1:00 p.m. Hasta ese momento le retiraron las esposas para que pudiera comer para regresarla nuevamente al centro penitenciario, ya que su juicio fue reprogramado. Durante su estancia en el centro pena su salud deterioro y estuvo muy mal de la presión y la psicóloga del penal le diagnostico estrés carcelario, producto de las condiciones de aislamiento que fue sometida por más de seis meses y todos los días eran objeto de requisas en horas de la madrugada. Durante las visitas de sus familiares, les tomaban fotos y videos, sus llamadas telefónicas eran gravadas, además de hacer firmar a los familiares un documento donde hacía contar que las autoridades habían respetado sus derechos, además de prohibirles realizar declaraciones o hablar sobre la situación de salud de las defensoras detenidas o sobre las condiciones carcelarias, so pena de suspenderles las visitas o no dejarles ingresar paquetería y medicamento. Además de ser requisados y de recibir mal trato y amenazas por parte de los funcionarios del Sistema Penitenciario. El 25 de junio de 2022, fue trasladada a una celda-pabellón con otras 65 reas comunes, donde fue objeto de asedio y hostigamiento, por las reas comunes las que responden a ordenes de los custodias para lograr beneficios por lo que los riesgos de se víctima de una agresión física eran latentes y las condiciones de las celdas insalubres con plagas como cucarachas. En noviembre de 2022, familiares de Jirón fueron testigos de las amenazas, agresiones y hostigamiento que ella recibe por parte de presas comunes, amenazándola con amordázala, amarrarla de pies y manos, golpearla, además de referirse a ella como “hija de perra, maldita tranquera, golpista, parásito de la sociedad”, entre otros insultos. Lo que ha tenido secuelas en su estado de salud aun después de su excarcelamiento y destierro. A la defensora Cinthia Samanta Jirón no solo le arrebataron su juventud, su familia, su hogar, su carrera universitaria, sino que también en un acto de venganza y perversidad sin fin, le despojaron de la nacionalidad. Al excarcelarla y desterrarla hacia Estados Unidos fue despojada de su nacionalidad dejándola en condición de Apatridia como a muchos defensores y activistas de derechos humanos por lo que se vio obligada a asumir otra nacionalidad para poder iniciar una nueva etapa de su vida.