(AI translated) El 30 de diciembre de 2016, después de su arresto, Al-Nukheifi fue transferido a la prisión general de Mecca, donde se le obligó a dormir en el suelo sin manta y se le amenazó repetidamente con torturas. En julio de 2019, se informó de que Al-Nukheifi estaba siendo sometido a un trato cruel, incluido ser despojado de su ropa y tener las manos y los pies esposados. El 8 de abril de 2019, solicitó ser transferido a la prisión de Jizan para estar más cerca de su madre de 80 años, quien tenía dificultades para visitarlo en la prisión general de Makkah, que se encuentra a más de 700 km de su residencia habitual, pero sin éxito.

Informes locales repetidos recibidos por GCHR confirmaron que el defensor de los derechos humanos Issa Al-Nukhaifi fue transferido el 24 de octubre de 2022 desde la prisión reformatoria de Al-Ha'ir en Riyadh a un destino desconocido, y no hay información sobre su paradero actual.

Desde marzo de 2021 hasta ahora, Al-Nukheifi ha hecho varias huelgas de hambre por razones que incluyen el maltrato por parte de los funcionarios de la prisión de Al-Ha'ir en Riyadh, incluido ser recluido en el mismo pabellón que los detenidos psiquiátricos, las demoras vengativas de la administración de la prisión para dejarlo salir y completar algunas transacciones bancarias relacionadas con su salario y la renovación de su tarjeta de identidad, lo que causó dificultades a su familia, y no ser liberado a pesar del final de su sentencia.

Desde el final de su sentencia, Al-Nukhaifi no ha podido llamar a su familia, recibir visitas ni consultar con un abogado, por lo que está sujeto a una desaparición forzada.