(AI translated) 30 декабря 2016 года после ареста аль-Нухейфи был переведен в общую тюрьму Мекки, где его заставили спать на полу без одеяла и неоднократно угрожали пытками. В июле 2019 года поступили сообщения о том, что аль-Нухейфи подвергается постоянному жестокому обращению, включая лишение одежды и кандалы на руки и ноги. 8 апреля 2019 года он попросил перевести его в тюрьму Джизана, чтобы быть ближе к своей 80-летней матери, для которой сложно навещать его в тюрьме Мекки, находящейся более чем в 700 км от их обычного места жительства, но его просьба была проигнорирована.

Повторяющиеся местные сообщения, полученные ГЦПЧ, подтвердили, что защитник прав человека Исса аль-Нухайфи был переведен 24 октября 2022 года из исправительной тюрьмы Аль-Хайр в Эр-Рияде в неизвестное место назначения, и нет никакой информации о его нынешнем местонахождении.

С марта 2021 года по настоящее время аль-Нухейфи несколько раз объявлял голодовку по причинам, включающим жестокое обращение со стороны тюремных надзирателей в Аль-Хайре в Эр-Рияде, включая содержание в одной камере с психически больными заключенными, злонамеренные задержки со стороны администрации тюрьмы, связанные с выходом за пределы тюрьмы для совершения банковских операций по его зарплате и продлением удостоверения личности, что создало трудности для его семьи, а также непредоставление ему свободы несмотря на истечение срока его приговора.

С момента окончания срока своего приговора аль-Нухейфи не может звонить своим близким, принимать их посещения или консультироваться с адвокатом, и в связи с этим он считается жертвой принудительного исчезновения.