El 13 de enero de 2025, la Corte Suprema de Justicia (CSJ), por resolución de la cámara de amparo y antejuicio, concedió un amparo provisional que evita que el defensor sea encarcelado y deja en suspenso la resolución de la Sala Segunda de Apelaciones del Ramo Penal que le revocó las medidas sustitutivas del primer proceso. El 4 de marzo de 2025, la sala Tercera de Apelaciones resuelve que se revoquen las medidas sustitutivas otorgadas al defensor y ordena que regrese a prisión, debido a la apelación planteada por el Ministerio Público y la Fundación Contra el Terrorismo, en octubre de 2024. La defensa de Zamora presentó un amparo el 7 de marzo en la CSJ, en donde buscaban evitar el encarcelamiento, pero todavía no ha sido resuelto. El 10 de marzo de 2025, un juez penal (que recibiendo amenazas durante el proceso) cumplió la orden del tribunal de apelaciones y envió a prisión al periodista José Rubén Zamora. La noche del jueves 12 de febrero, Zamora salió del Centro de Detención Mariscal Zavala, luego de que el juez Maximino Morales, titular del Juzgado Segundo Penal, le otorgara medidas sustitutivas dentro del segundo proceso penal que el Ministerio Público (MP) mantiene en su contra.