(AI Translated) في 30 ديسمبر 2016 بعد اعتقاله، نُقل النُخيفي إلى سجن مكة العام، حيث أُجبر على النوم على الأرض دون بطانية وتعرض للتهديد المتكرر بالتعذيب. في يوليو 2019، أُفيد أن النُخيفي يتعرض لسوء معاملة مستمر، بما في ذلك تجريده من ملابسه وتقييد يديه وقدميه. في 8 أبريل 2019، طلب نقله إلى سجن جازان ليكون أقرب إلى والدته التي تبلغ من العمر 80 عاماً، والتي تواجه صعوبة في زيارته في سجن مكة العام الذي يبعد أكثر من 700 كيلومتر عن محل إقامتهم المعتاد، لكن طلبه لم يُستجب له.

أكدت تقارير محلية متكررة تلقتها لجنة حقوق الإنسان في السعودية أن المدافع عن حقوق الإنسان عيسى النُخيفي نُقل في 24 أكتوبر 2022 من سجن الإصلاح الحائر في الرياض إلى وجهة غير معروفة، ولا توجد معلومات عن مكان تواجده الحالي.

من مارس 2021 وحتى الآن، خاض النُخيفي عدة إضرابات جوع لأسباب تشمل سوء المعاملة من قبل مسؤولي السجن في الحائر بالرياض، بما في ذلك احتجازه في نفس الجناح مع المحتجزين النفسيين، وتأخير الإدارة السجنية الانتقامي لإخراجه لإكمال بعض المعاملات البنكية المتعلقة براتبه وتجديد بطاقته الشخصية، مما سبب مشقة لعائلته، وعدم إطلاق سراحه رغم انتهاء حكمه.

منذ انتهاء حكمه، لم يتمكن النُخيفي من الاتصال بعائلته، ولا استقبل زيارات، ولا استشار محامياً، وبالتالي فهو عرضة للاختفاء القسري.